Pour chaque organe, les informations suivantes sont habituellement présentées:

1. Localisation: région anatomique ou partie d’un organe duquel un spécimen devrait être prélevé (ex : lobe).
   
   
2. Nombre de prélèvements: nombre d’organes (ex : les deux pour les organes pairs) ou nombre d’échantillons d’organe préparés pour l’examen (pas nécessairement identique au nombre de lames/blocs).
   
   
3. Sens: orientation (plan de la section) de l’organe recoupé ou coupé au microtome (voir également les remarques à la fin de ce chapitre). Les orientations proposées sont indiquées en vert et les sections facultatives (si citées) sont indiquées en bleu (voir la fig.1 pour une explication des symboles utilisés)
   
   

   a	b	c

   Fig. 1: Symboles utilisés pour les dessins et/ou les photographies macroscopiques pour indiquer le plan de la section. a: niveau de coupe parallèle au plan de l’image, b: niveau de coupe perpendiculaire au plan de l’image, c: niveau de coupe en 3D
   
   
4. Taille de l’échantillon: taille (surface) d’un organe ou d’un fragment d’organe mis en cassette avant la technique. La taille de l’échantillon est déterminée par la taille de l’organe. Pour une fixation optimale, l’épaisseur de l’échantillon ne devrait pas excéder 3 à 5 mm. En général, la surface examinée devrait être aussi grande que possible et représenter toutes les structures anatomiques pertinentes. Le tissu peut être adapté à la taille des cassettes par la recoupe des extrémités de l’organe.
   
   
5. Des remarques facultatives peuvent être signalées pour présenter des informations complémentaires comme la perfusion à l’aide d’un fixateur dans les poumons ou dans la vessie, les sections supplémentaires recommandées, la mise en place des organes dans les cassettes, etc.
   
   
6. Des dessins schématiques et/ou photographies macroscopiques sont proposés.
   Le plan de la section est habituellement indiqué sur ces images. Quelques photographies montrent l’organe et le sens de la recoupe «in situ»; le but est d’indiquer l’orientation de la recoupe mais il est préférable de prélever l’organe ou le tissu au préalable. L’étape suivante est la recoupe sur du tissu frais ou, dans la plupart des cas, après fixation de l’organe. La plupart des photographies macroscopiques ont été prises à partir d’organes frais non fixés. Après fixation, le rétrécissement du tissu et le changement de couleur peuvent conduire à de légères variations par rapport aux photos présentées ici.
   
   
7. Une photo d’une coupe de tissu colorée à l'Hémalun-Eosine (HE) montre ce qu’il faut obtenir comme niveau de section (et parfois également les coupes supplémentaires) Des structures typiques contenues sur cette section sont indiquées si nécessaire. En routine, le formol tamponné à 10% (par ex. solution de formaldéhyde à approx. 4%) est indiqué comme le fixateur de choix. Pour quelques prises de vue, les organes ont été fixés dans le liquide de Davidson. Ceci n’est pas indiqué dans la légende, puisque généralement, il n’y a pas d’influence sur l’apparence des tissus au faible grossissement utilisé pour la vue d’ensemble de ces lames. Si un type spécial de fixateur est approprié pour un organe particulier (ex. les yeux ou les testicules) il est mentionné dans le texte concernant cet organe.
   
   
8. Si besoin est, des photos du matériel utilisé au cours des techniques histologiques (ex. cassettes spéciales, outils) sont présentées.
   
   
9. Si approprié, il est indiqué les raisons des niveaux de coupe spécifiques ou des sections multiples recommandés par les groupes de RITA/NACAD.
   
   
10. Les références des publications spécifiques à un organe particulier sont indiquées si nécessaire et récapitulées à la fin de chaque article.
    
    

Dans les descriptions, les termes suivants sont utilisés pour déterminer le sens de la recoupe (voir aussi fig.2 avec une présentation schématique des niveaux de coupe suivants):

• Transversal: perpendiculaire au grand axe d’un organe ou d’une partie d’un organe
  
  
• Longitudinal vertical: le long du grand axe du corps, d’un organe ou d’une partie d’un organe, dans l’axe dorso-ventral ou parallèlement à cet axe (dans le texte il est indiqué plus simplement: «longitudinal»)
  
  
• Longitudinal horizontal: le long du grand axe du corps, d’un organe ou d’une partie d’un organe, perpendiculairement à l’axe dorso-ventral (dans le texte, il est indiqué plus simplement: «horizontal»).
  
  

  a	b	c

  Fig. 2: Présentation schématique des plans de section. a: transversal, b: longitudinal-vertical, c:longitudinal-horizontal

En définissant soit le «corps», soit l’«organe entier» soit «une partie d’un organe» (par exemple un lobe du foie ou une certaine partie du cerveau), comme unité de référence, il est relativement simple de caractériser précisément le sens de la recoupe en utilisant seulement les trois termes définis ci-dessus en évitant ainsi la grande quantité de termes anatomiques et de synonymes prêtant à confusion et présents dans les publications. Les dessins schématiques et/ou les photos macroscopiques des organes indiquent le sens de la recoupe grâce à des lignes colorées ou à des symboles pour aider à l’orientation et à l’identification des sections correctes.

Une description anatomique détaillée des systèmes du rat est donnée par HEBEL et STROMBERG (1986), BOORMAN et al. (1990) fournissant une information précieuse sur l’embryologie, l’anatomie, l’histologie, et la pathologie des rats Fisher et pour quelques organes également des propositions de recoupe. Pour la souris, des informations comparables peuvent être trouvées dans le livre de MARONPOT et al. (1999). Une information considérable sur l’anatomie normale, l’histologie et la physiologie et leurs implications sur les aspects toxicologiques peut être obtenue dans les publications de KRINKE (2000) et HASCHEK et al. (2002).

En plus des données provenant des publications imprimées la version internet présente les particularités suivantes:

Navigation: Les descriptions d’organes peuvent être sélectionnées à partir d’une liste selon systèmes/organes ( ) ou d’une liste triée alphabétiquement ( ).

Agrandissement: Toutes les figures sont disponibles dans un agrandissement standard: un clic de souris sur l’image indique l’agrandissement. Les images miniatures sur le côté droit peuvent être utilisées pour une sélection supplémentaire. Avec un clic de souris sur la touche on retourne à la description.

Mode interactif: Les organes, pour lesquels différents sens de découpe ont été définis, peuvent être visionnés en mode interactif ( ). Si vous passez avec la souris sur les lignes bleues ou vertes se trouvant dans les représentations schématiques ou dans les photographies de vue d’ensemble, l’image histologique correspondante apparaîtra. Un clic de souris sur la ligne indique l’agrandissement. Avec un clic se souris sur la touche on retourne à la description.

Les résumés de PubMed: Si un résumé d’une citation de littérature est présent dans PubMed, ce dernier peut être affiché avec un clic de souris sur le symbole .

Présentation des directives: À la fin de chaque description concernant un organe, un tableau synoptique présente toutes les directives requises ou définies pour la découpe de cet organe. Les références pour ces informations sont disponibles sur une page séparée.

	BAHNEMANN R, JACOBS M, KARBE E, et al.: RITA - Registry of Industrial Toxicology Animal-data - Guides for organ sampling and trimming procedures in rats. Exp Toxic Pathol 1995; 47: 247-266.
	BOORMAN GA, EUSTIS SL, ELWELL MR, et al. (eds): Pathology of the Fischer rat. Reference and atlas. Academic Press, San Diego, New York, London, 1990.
	BONO CD, ELWELL MR, ROGERS K: Necropsy techniques with standard collection and trimming of tissues. In: KRINKE GJ (ed) The laboratory rat. Academic Press, San Diego San Francisco New York, 2000; pp 569-600.
	CRISSMAN JW, GOODMAN DG, HILDEBRANDT PK, et al: Best practice guideline: toxicologic histopathology. Toxicol Pathol 2004; 32: 126-131.
	DESCHL U, KITTEL B, RITTINGHAUSEN S, et al.: The value of historical control data-scientific advantages for pathologists, industry and agencies. Toxicol Pathol 2002; 30: 80-87.
	HASCHEK WM, ROUSSEAUX CC, WALLIG MA (eds): Handbook of toxicologic pathology. 2nd edition, Academic Press San Francisco New York, 2002.
	HEBEL R, STROMBERG MW: Anatomy and embryology of the laboratory rat. BioMed, Wörthsee, 1986.
	KEENAN C, HUGHES-EARLE A, CASE M, et al.: The North American Control Animal Database: a resource based on standardized nomenclature and diagnostic criteria. Toxicol Pathol 2002; 30: 75-79.
	KRINKE GJ (ed): The laboratory rat. Academic Press, San Diego San Francisco New York, 2000.
	LEBLANC B: Pathology and tissue sampling protocols for rodent carcinogenicity studies; time for revision. Toxicol Pathol 2000; 28: 628-633.
	MARONPOT RR, BOORMAN GA, GAUL BW (eds): Pathology of the mouse. Reference and atlas. Cache River Press, Vienna, 1999.
	MOHR U (Editor): International classification of rodent tumours, Part 1: The rat. IARC Scientific Publications No. 122, Lyon, 1992 - 1997 (10 fascicles).
	MOHR U (Editorial): RITA – Registry of Industrial Toxicology Animal-data: Optimization of carcinogenicity bioassays. Exp Toxic Pathol 1999; 51: 461-475.
	MOHR U (Editor): International classification of rodent tumors, The Mouse. Springer, Berlin Heidelberg New York, 2001.
	MORAWIETZ G, RITTINGHAUSEN S: Variations in prevalence of endocrine tumors among different colonies of rats? A retrospective study in the Hannover Tumor REGISTRY Data Base. Arch Toxicol 1992; Supl 15: 205-214.
	MORAWIETZ G, RITTINGHAUSEN S, MOHR U: RITA – Registry of Industrial Toxicology Animal-data – Progress of the working group. Exp Toxic Pathol 1992; 44: 301-309.

	AXEL BUBE [3] Drug Safety Evaluation Pathology, Aventis Pharma Deutschland GmbH, Hattersheim, Allemagne
	ULRICH DESCHL [1] Department of Nonclinical Drug Safety, Boehringer Ingelheim Pharma GmbH & Co KG, Biberach, Allemagne
	PAUL DESLEX [1] Department of Pathology, Pfizer Centre Recherche, Amboise, France
	MICHAEL R. ELWELL [2] Department of Pathology, Pfizer, Inc., Groton, CT, USA
	SABINE HALM [3] Department of Toxicology/Pathology/Animal Care, Abbott GmbH Co. KG, Ludwigshafen, Allemagne
	JÜRGEN HELLMANN [3] Institute of Toxicology, Merck KGaA, Darmstadt, Allemagne
	ANKE HEUSER [3] Institute of Pathology and Toxicology, ALTANA Pharma AG, Hamburg, Allemagne
	KEVIN KEANE [3] Schering-Plough Research Institute, Lafayette, NJ, USA
	CHARLOTTE KEENAN [1] Department of Preclinical Research and Development, Adolor Corporation, Malvern, USA
	JAN KLAPWIJK [2] Department of Pathology, Pharmacia Italia S.p.A., Gruppo Pfizer Inc., Nerviano, Italie
	BARBARA LENZ [2] Department of Toxicology, Hoffmann-LaRoche AG, Basel, Suisse
	BIRGIT KITTEL [1,2,3] Department of Product Safety, Regulations, Toxicology and Ecology, BASF AG, Ludwigshafen, Allemagne
	CHARLES R. MAHRT [1] Department of Preclinical Toxicology, Pharmacia Corporation, Kalamazoo, MI., USA
	GERD MORAWIETZ [1,2,3] Department of Information Technology and Databases, Fraunhofer Institute of Toxicology and Experimental Medicine, Hannover, Allemagne
	THOMAS NOLTE [1] Department of Nonclinical Drug Safety, Boehringer Ingelheim Pharma GmbH & Co KG, Biberach, Allemagne
	M. GERARD O'SULLIVAN [2] Department of Pathology/Toxicology, 3M Pharmaceuticals, St. Paul, MN, USA
	MERVYN ROBINSON [1] Department of Regulatory Toxicology, Syngenta CTL, Alderley Park, Macclesfield, Angleterre
	DANIEL R. ROTH [2] Department of Pathology, Novartis Pharma AG, Basel, Suisse
	CHRISTINE RUEHL-FEHLERT [1,2,3] Department of Toxicologic Pathology, Bayer HealthCare AG, Wuppertal, Allemagne
	BARRY P. STUART [1] Toxicology, Pathology and Veterinary Services Department, Bayer CropScience, Stillwell, KS, USA
	PETER F. WADSWORTH [2] Department of Pathology, AstraZeneca UK, Alderley Park, Macclesfield, Angleterre

*) RITA: Registry of Industrial Toxicology Animal-data. Membres: